Các phòng chức năng của Cục Bảo vệ thực vật có trách nhiệm giúp Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước về bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật, thuốc BVTV, phân bón, an toàn thực phẩm và môi trường và thanh tra chuyên ngành trong phạm vi cả nước. Bộ máy quản lý của Cục có 09 phòng, Văn phòng Cục và bộ phận thường trực phía Nam tại thành phố Hồ Chí Minh
1. Phòng Bảo vệ thực vậtĐiện thoại: 024.38.513.913 | 024.38.518.197
Email: pbvtv.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng : Bùi Xuân Phong
Phó Trưởng phòng: Hà Tấn Thụ
2. Phòng Kiểm dịch thực vậtĐiện thoại: 024.35.334.813 | 024.38.518.192
Email: kdtv.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Lê Sơn Hà
Phó Trưởng phòng: Hà Thanh Hương
3. Phòng Thuốc bảo vệ thực vậtĐiện thoại: 024.35.335.018 | 024.35.335.190
Email: qlt.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Huỳnh Tấn Đạt
Phó Trưởng phòng: Bùi Thanh Hương
4. Phòng An toàn thực phẩm và môi trườngĐiện thoại: 024.35.379.743 | 024.35.334.036
Email: qlattpmt.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Vương Trường Giang
Phó Trưởng phòng: Nguyễn Đình Thông
5. Phòng Quản lý phân bón
Điện thoại: 024.38.518.194
Email: qlpb.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Phạm Minh Lan
Phó trưởng phòng: Vũ Thắng
6. Phòng Hợp tác quốc tế và Truyền thôngĐiện thoại: 024.38.570.754
Email: htqt.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Nguyễn Quang Hiếu
Phó trường phòng: Ngô Thị Phương Dung
7. Phòng Thanh tra - Pháp chếĐiện thoại: 024.35.331.677 | 024.38.513.693
Email: ttpc.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Nghiêm Quang Tuấn
Phó trường phòng: Vũ Quốc Khánh
8. Phòng Tài chínhĐiện thoại: 024.38.518.200
Email: tc.bvtvt@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Nguyễn Văn Thiệp
Phó Trưởng phòng: Lê Thu Hà
9. Phòng Kế hoạchĐiện thoại: 024.35.335.054 | 024.35.333.057
Email: kh.bvtv@mard.gov.vn
Trưởng phòng: Đỗ Hồng Khanh
10. Văn phòngĐiện thoại: 024.38.518.196
024.38.519.451 (trực bảo vệ)
024.38.574.663 (trực văn thư )
Email: vp.bvtv@mard.gov.vn
Chánh Văn phòng : Đinh Hà Biên
Phó Chánh Văn phòng: Nguyễn Trọng Ái
Bùi Thị Xuân Hà
11. Bộ phận thường trực phía Nam tại thành phố Hồ Chí MinhĐiện thoại: 028.38.24.8803 Fax: 028.3827.4344
Email: bptt.bvtv@mard.gov.vn