Ngày 10 tháng 8 năm 2009 Bộ trưởng Bộ NN-PTNT ban hành quyết định số 2228/QĐ-BNN-VP về việc công bố bộ thủ tục hành chính thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ NN-PTNT.
Theo quyết định này có 468 bộ thủ tục hành chính thuộc các lĩnh vực quản lý của Bộ, trong đó riêng bộ thủ tục hành chính về BVTV có 40 bộ thủ tục ( 28 bộ thực hiện tại cấp Bộ và 12 bộ thực hiện tại cấp tỉnh), cụ thể như sau:
28 bộ thủ tục hành chính thực hiện tại cấp Bộ
1.Cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng vật thể xuất nhập khẩu
2. Cấp lại giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng vật thể xuất nhập khẩu
3. Cấp chứng chỉ hành nghề xông hơi khử trùng vật thể xuất, nhập khẩu
4. Cấp gia hạn chứng chỉ hành nghề xông hơi khử trùng vật thể xuất, nhập khẩu
5. Cấp thẻ xông hơi khử trùng vật thể xuất nhập khẩu, quá cảnh.
6. Cấp đổi thẻ xông hơi khử trùng vật thể xuất nhập khẩu, quá cảnh.
7. Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV (để đăng ký bổ sung phạm vi sử dụng, liều lượng, cách sử dụng)
8. Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV ( để đăng ký bổ sung hàm lượng hoạt chất)
9.Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV ( để đăng ký bổ sung dạng)
10. Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV ( để đăng ký bổ sung tên thương mại)
11.Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV ( để đăng ký chính thức).
12.Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV ( để đăng ký hỗn hợp)
13.Khảo nghiệm và cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc BVTV ( để đăng ký mục đích sử dụng mới)
14.Cấp giấy chứng nhận gia hạn đăng ký thuốc BVTV
15. Cấp giấy phép nhập khẩu thuốc BVTV
16. Trả lời tổ chức kinh tế, cá nhân sản xuất, gia công, sang chai, đóng gói thuốc BVTV
17. Thông qua nội dung quảng cáo thuốc BVTV (quảng cáo trên báo chí của các cơ quan Trung ương; trên internet; trên xuất bản phẩm)
18. Thay đổi nhà sản xuất đã uỷ quyền đăng ký thuốc BVTV
19. Thay đổi đơn vị đăng ký thuốc BVTV
20. Thay đổi tên thương mại thuốc BVTV
21. Cấp giấy phép kiểm dịch thực vật nhập khẩu (đối với những vật thể phải phân tích nguy cơ dịch hại)
22. Cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh, vận chuyển nội địa
23. Cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật xuất khẩu
24. Cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật tái xuất khẩu
25. Cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật sau nhập khẩu
26. Kiểm tra chất lượng thuốc BVTV nhập khẩu
27. Kiểm tra chất lượng thuốc BVTV lưu thông trên thị trường
28. Kiểm định dư lượng thuốc BVTV
12 bộ thủ tục hành chính thực hiện tại cấp tỉnh
1. Cấp giấy chứng chỉ hành nghề buôn bán thuốc BVTV
2. Gia hạn giấy chứng chỉ hành nghề buôn bán thuốc BVTV
3. Cấp giấy chứng chỉ hành nghề sản xuất, gia công, sang chai, đóng gói thuốc BVTV
4. Gia hạn giấy chứng chỉ hành nghề sản xuất, gia công, sang chai, đóng gói thuốc BVTV
5. Thông qua nội dung quảng cáo thuốc BVTV tại địa phương (quảng cáo trên báo chí địa phương)
6. Cấp giấy chứng nhận huấn luyện chuyên môn về thuốc BVTV
7. Cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng vật thể bảo quản nội địa
8. Cấp lại chứng nhận đủ điều kiện hành nghề xông hơi khử trùng vật thể bảo quản nội địa
9. Cấp chứng chỉ hành nghề xông hơi khử trùng vật thể bảo quản nội địa
10. Cấp gia hạn chứng chỉ hành nghề xông hơi khử trùng vật thể bảo quản nội địa
11. Cấp thẻ xông hơi khử trùng vật thể bảo quản nội địa
12. Đổi thẻ xông hơi khử trùng vật thể bảo quản nội địa